MySQL 5.5 usa InnoDB como su motor de almacenamiento nativo, algo que según sus responsables permite ofrecer una mejora del rendimiento de más del 200%, y tiempos 10 veces inferiores en el caso de la recuperación de datos, según las declaraciones de Screven. Otras mejoras son la replicación y la posibilidad de realizar un mayor particionamiento de las bases de datos.  
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