El genoma de Sukunaarchaeum posee apenas unos 238 mil pares de bases, menos de la mitad del genoma más pequeño conocido en arqueas hasta ahora. Esto significa que el organismo eliminó prácticamente todo lo que no es esencial para su existencia. Entre los genes identificados, los científicos encontraron solo las funciones básicas: replicación del ADN, transcripción y traducción genética. No tiene genes para su propio metabolismo. Sin embargo, a diferencia de los virus, produce ARN mensajero y posee ribosomas.
