#19 La diferencia es que quedas a expensas del mantenedor de la distribución (que puede tardar más o menos en actualizar, puede integrar mejor o peor las cosas en el sistema, etc). Los flatpaks tienen la ventaja de que son los propios creadores de las aplicaciones los que actualizan y la mantienen al día (y al tener los runtimes separados, se evitan tener que estar al loro y actualizar todo el paquete, se desentienden porque lo lleva el mantenedor de los runtimes).
#15 personalmente he probado flatpak y snap y cada uno tiene sus inconvenientes
Valoré poner en un portátil de un familiar algunos paquetes por snap por aquello de que se actualizan solos. Pero al final me decanté por incluir un par de repositorios específicos para esas apps (como Chrome) y tirar de unattended updates.
Siempre que se pueda mejor deb/rpm, etc. Incluso instalación local en ~/.local o /opt
Os recomiendo esta lectura
https://ludocode.com/blog/flatpak-is-not-the-future