Pueden tener diferentes orígenes, pero el más común es debido a la acción del agua de lluvia, que es ligeramente ácida porque lleva disuelto CO2 atmosférico, al reaccionar químicamente con rocas carbonatadas, como las calizas (CaCO3) o las dolomías (MgCa(CO3)2), disolviéndolas en profundidad hasta excavar enormes cavidades en su interior. Aunque el recorrido del agua que da lugar a las cuevas puede ser, exactamente, el opuesto.