No todo son ventajas cuando hablamos de nanotecnología. Existen una serie de riesgos potenciales que aún no son conocidos y que la propia Unión Europea enumera. No podemos olvidar que las nanopartículas producidas por esta ciencia emergente tienen las mismas dimensiones –o incluso menores- que determinadas moléculas biológicas, pudiendo llegar a interactuar entre sí. En este sentido, cuanto más pequeñas sean las nanopartículas mayor peligro pueden llegar a entrañar.