En su último informe de fiscalización de estas entidades, que data de 2009, el Tribunal de Cuentas detectó varias prácticas irregulares por parte de las mutuas como pagos indebidos con cargo a la Seguridad Social, por un importe cercano a 15 millones de euros. Esa fiscalización reveló que estas entidades sin ánimo de lucro cargaron gastos indebidos que no podían ser asumidos por la Seguridad Social o que no estaban suficientemente justificados.