La inmunidad innata tiene una larga historia filogenética, comprendiendo especies tan diversas como anémonas, insectos y mamíferos. Por contra, la inmunidad adaptativa, que presupone células similares a los linfocitos, y receptores antigénicos, está restringida a los vertebrados. Aunque la evolución de este tipo de inmunidad se suponía debida a la adquisición de nuevas capacidades moleculares, ahora se piensa que la re-dirección de sistemas preexistentes es la mayor fuente de innovación.