El portugués quiso comenzar un nuevo camino como entrenador en el Vitória de Guimarães, y en julio fue presentado como nuevo técnico. Después de tan solo tres partidos, decidió dejar el cargo por discrepancias con la directiva. Thiago Mendes fue uno de los jugadores clave en la médular en la ‘era Simeone‘. Tras dejar el fútbol de manera oficial en 2017, comunicó que no dejaría el Atlético de Madrid, convirtiéndose en un de lo ayudantes de Pablo Simeone durante la temporada 2017-2018.