Una de las principales incógnitas del caso Villarejo reside precisamente en cuantificar todo el material que el comisario jubilado atesoraba en su casa y en sus oficinas sobre encargos de espionaje y otros asuntos que afectaban a la seguridad del Estado. A falta de conocer todos los documentos que el comisario recabó durante su etapa en activo al frente de la Policía Nacional, algunos implicados en el procedimiento dieron pistas sobre el asunto.