Durante los últimos años ambos departamentos han mantenido diferencias sobre asuntos como el rescate de las autopistas en quiebra, las obras del AVE e incluso la propia salida a Bolsa de AENA..La huelga que los sindicatos de AENA han convocado en los aeropuertos españoles a partir de la segunda quincena de septiembre podría abrir una nueva batalla entre los ministerios de Fomento y Hacienda, cuyas relaciones no han sido las mejores en los últimos años.