El partido que presumía de liberal se sumió en una batalla interna para controlar la caja: ganó Rajoy (que por aquel momento enarbolaba el discurso de la despolitización de las cajas) y colocó a Rato frente a Ignacio González, el candidato de Aguirre. La guerra interna trascendió a la caja y se convirtió en una pugna por el control del Partido Popular. El propio Rajoy propició la salida de Rato en 2012, con Bankia ya hundida, dos años después de auparlo a la presidencia de Caja Madrid..