Baker, pionero en el diseño computacional de proteínas sin usar IA, publicó en 2008 en Nature el diseño de una enzima artificial de alta eficiencia, una eliminasa de Kemp; pero dicho logro tenía truco, la enzima diseñada tenía baja eficiencia y se usó la técnica de mutagénesis dirigida de Arnold, Premio Nobel de Química de 2018 (LCMF, 03 oct 2018), para lograr su alta eficiencia catalítica. Se echaba en falta el diseño computacional completo de dicha proteína, sin mutagénesis dirigida, que se publica ahora en 2025 en Nature.
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El análisis de plegamiento de proteinas se basa en unos pocos algoritmos que se pueden ejecutar con o sin redes neuronales, porque se ejecutan fuera de ahí. Las redes neuronales son útiles, pero no son lo que encuentra las soluciones.