El monumental complejo fue erigido por el monarca para conmemorar la victoria de la batalla de San Quintín frente a las tropas francesas. Pero, al mismo tiempo, según algunos autores, posee una segunda lectura de corte hermético. Al igual que otros muchos personajes de su tiempo, tanto Felipe II como los arquitectos del monasterio escurialense, se mostraron profundamente interesados por doctrinas y disciplinas como la astrología, la alquimia o la cábala y así lo reflejaron en la megalítica obra.