En Septiembre de 1941 se construyó el Gueto de Kaunas donde fueron alojados los 200 supervivientes del anterior progrom, además de 29.000 más extraídos del resto de ciudades de Lituania. El gueto fue separado de Kaunas siendo cercado el barrio de Slobodka, zona en la que se ubicó. Para su administración propia se creó un Consejo Judío de Kaunas dirigido por Elchanan Elkes.