Pero, ¿el motivo de su ejecución fue exclusivamente de orden religioso? Muchos historiadores se atreven a sugerir que, en realidad, Sebastián mantuvo una relación sentimental con el emperador. Según ellos, este vínculo fue decisivo. El emperador le pidió que abandonase su fe cristiana por él pero Sebastián se negó. La humillación de un amante despreciado habría sido, según esta línea argumental, el detonante de la decisión fatal.