Se puede considerar que la tolerancia nacería con el principio cristiano del amor al prójimo. En la Baja Edad Media y en la transición a la Edad Moderna se produce una situación de intensos conflictos políticos y religiosos que tendría una clara incidencia en la tolerancia. En ese momento proliferaron las tendencias intolerantes en el seno de la Iglesia Católica frente a los considerados herejes. Esos posicionamientos promovieron o toleraron, también, aunque con excepciones importantes, las persecuciones a los judíos en media Europa.