En 1567 la Compañía de Jesús había inaugurado en Madrid, en la calle de Toledo, una pequeña capilla dedicada a san Pedro y san Pablo a la que luego se le añadió un colegio. En 1622 la capilla fue demolida para dar lugar a una nueva iglesia, siguiendo las instrucciones de la emperatriz María de Austria, hija de Carlos I, quién legó a la Compañía de Jesús su fortuna con la intención de que se construyera un nuevo edificio. El nuevo templo fue concebido por el arquitecto Pedro Sánchez.