Diversas voces en el mundo de la supercomputación están poniendo en duda la idoneidad del benchmark utilizado en el Top500 como medida de la bondad de un sistema. Se obvian detalles tan importantes como la eficiencia energética o la utilidad en aplicaciones reales. En la última lista han dominado varios sistemas basados en GPU, una arquitectura importante para number crunching, pero inadecuada para otras aplicaciones debido a las limitaciones actuales en los buses de expansión.