Cuanto más lisa es la superficie, más contacto directo tiene con el disipador, por lo que la transmisión de calor de la CPU al disipador es mayor y su fefrigeración es más eficiente.
Claro está que la pasta térmica está para ello, también hay distintos tipos de pasta térmica que mejorar el paso del calor, y en este caso es lo mismo. La diferencia de calor, depende del procesador puede ser mayor que en otro debido a que hay procesadores que desprenden más calor que otros, y cada vez más, los procesadores se calientan menos y probablemente este limado haga menos efecto.
También dependiendo del refrigerador que se utilice, la disminución del calor puede ser mayor al hacer el pulido.
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Eso también es verdad el que se atreva hacerlo, que tenga en cuenta eso. También, yo sólo se lo aconsejo a quien tenga procesadores P4 de socket 478 o 775 que ya hayan perdido la garantía y sus temperaturas sean muy altas (por encima de los 50ºC) y con un buen refrigerador no lo han conseguido bajar.