Todos estos factores pueden afectar negativamente a la compleja comunidad de microorganismos (principalmente bacterias) que habitan nuestro intestino, dando lugar a una situación conocida como disbiosis. Este término hace referencia a un aumento de microorganismos potencialmente perjudiciales, una disminución de los considerados beneficiosos, un descenso de la variedad microbiana (denominada diversidad intestinal) y la alteración de la función de barrera intestinal, que puede dejar pasar a la sangre sustancias que pueden generar daño.
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