Las nanopartículas son capaces de colarse en el cerebro, los pulmones y otros órganos, desconociéndose sus consecuencias. Algunas pruebas han demostrado su toxicidad en plantas y otros organismos. La compañía química Du Pont decidió no comercializar un nano-hierro concebido para limpiar cañerías de agua contaminadas, debido a los riesgos ligados a sus componentes. Por otra parte, los procesos productivos todavía dejan mucho que desear, observándose variaciones en los materiales producidos, e impurezas difíciles de detectar y extraer.