Miembro de una acomodada familia carmonense, Francisco Verdugo estudió en el colegio sevillano Maese Rodrigo de Sevilla. En este centro destacó como estudiante, cobrando fama de “docto y excelente orador”. A finales de 1623 fue nombrado como obispo de la diócesis de Huamanga (rebautizada Ayacucho en 1825). Se trataba de un obispado relativamente nuevo, pues había sido erigido por bula Papal en 1614, siendo su primer prelado fray Agustín de Carvajal.
