Entre las principales funciones de la Agencia estarán la coordinación de la vigilancia en salud pública, la evaluación de los riesgos en salud, la preparación y alerta en crisis sanitarias, trasladar información a la ciudadanía ante el riesgo y prestar asistencia, asesoramiento y soporte a cualquier institución pública o comunidad autónoma que lo requiera. Dos de las cuestiones que han despertado más interés es quién la dirigirá y dónde se situará. El Partido Popular pidió que los nombramientos fueran refrendados por una mayoría del Congreso y
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