La rata topo desnuda es un roedor originario de los desiertos de África del Este y tiene sus propias características físicas que le permiten sobrevivir en ambientes hostiles durante muchos años. Muestra una falta de sensación de dolor en su piel y tiene una baja tasa metabólica que le permite vivir en el subsuelo con un aporte de oxígeno limitado.
#3#4 No tengo ni idea, pero soy escéptico y curioso, así que he buscado otros sitios donde se hable de "descifrar el genoma" (como sinónimo de secuenciar, supongo). Y la verdad es que he encontrado unos cuantos. Por ejemplo:
Hmmm... Publimed.gov. Biblioteca Nacional de Medicina de los Estados Unidos. Institutos Nacionales de Salud... ¡publican una cosa titulada "RESOURCE FOR DECIPHERING THE GENOME"!
Deberías afearles su actitud, y decirles que "Genome is not deciphered. It is sequenced!"
#5 Puede parecer que tienes razón, pero no es así.
De lo que hablan en ese artículo (y algún otro) es de otra cosa, y "descifrar" está usado intencionadamente para separarlo del "secuenciar", que tiene otro sentido. Aún así sigo manteniendo que los genomas no se descifran. Intentaré explicarlo, que de esto sé un poco.
El genoma es la secuencia de bases del ADN de un organismo (o una especie). Esa secuencia es desconocida y está dada por el orden (más o menos) exacto de 4 bases nitrogenadas, representadas como A,T,C y G cada una bien colocada en su sitio. Mediante diversas técnicas se puede extraer el ADN de un organismo y conseguir saber el orden de ese conjunto de bases en todo el genoma (más o menos) completo, eso es secuenciar un genoma. El resultado de la secuenciación es una secuencia con la apariencia de atgacgtcagtctgtgagtttctaggctagctaaagtcagta...
¿Por qué hablan en ese artículo de "descifrar"?
La secuenciación de un genoma da mucha información, pero se queda muy corta. El genoma es ADN, pero la mayor parte de las funciones de la célula las hacen proteínas, cuyas características dependen directamente de la secuencia del genoma (que codifica para proteínas, ADN (secuencia de bases) -> proteínas (secuencia de aminoácidos)).
Es realmente complicado (por no decir imposible) conocer la función de una proteína conociendo solo su secuencia de aminoácidos (algo que se puede saber conociendo la secuencia del genoma).
Así pues hace falta un paso más si queremos conocer el funcionamiento y el comportamiento de las células viendo cómo interaccionan todas las proteínas entre sí.
Para eso hay una serie de herramientas informáticas, de las que habla ese artículo (KEGG, PATHWAY, GENES, SSDB, KO, COMPOUND, GLYCAN, REACTION y muchas más), todas esas son bases de datos que informan de la función de las proteínas en base a la descripción de procesos clave y usando descriptores semánticos (palabras) que definan sus propiedades, lo que se llama GO (gene ontholgy, http://es.wikipedia.org/wiki/Ontolog%C3%ADa_G%C3%A9nica ) de manera que se pueda interrelacionar el conocimiento de unas proteínas con otras y completar lo que se desconoce de unas usando lo que se conoce de otras proteínas semejantes, contado en pocas palabras.
El proyecto KEGG (y todos los que hablan de "descifrar" genomas, o descifrar rutas, o descifrar metabolomas, etc) pretende integrar todas esas bases de datos para desentrañar las relaciones entre las proteínas, eso sí, partiendo de grupos de genes (genomas, si se quiere), para establecer la red completa de interacciones entre proteínas; como ves, y si me sigues, la relación con el genoma es relativamente pequeña; y se usa la palabra "descifrar" más bien en un sentido metafórico con el sentido de "conocer un poco más lo que no conocemos". Desde luego nada que ver con este artículo meneado, que se limita "solo" a secuenciar un genoma que hasta ahora era desconocido.
Te pongo un ejemplo metafórico: es como si queremos leer un libro en braille, secuenciar el libro sería pasar las rayas y los puntos a letras, de una forma automática, sin más, ese código sí que lo conocemos (aquí hablo como profesional del ramo) muy precisamente, y aún así fallamos muchas veces; secuenciar es lo que se hace el 99,999% de las veces que se habla en prensa de un genoma nuevo. Ese conjunto de letras, sin más, no dice mucho. Descifrar el libro sería comprender lo que pone, teniendo en cuenta que el conocimiento que tenemos del idioma de las proteínas se limita a unas cuantas palabras y aún no estamos seguros de lo que significan. Esta parte de la genómica está aún en pañales.
Te agradezco si has llegado a leer hasta el final del tocho que me he soltado.
#8 Al contrario, muchas gracias por explicarlo. Es algo que vemos todos los días aquí y allá, con cierta frustración por no poder entenderlo. Ahora ya sé (si he entendido lo esencial) que una cosa es conocer la secuencia de bases del genoma, y la de aminoácidos de las proteinas (secuenciar), y otra mucho más difícil saber si eso "significa" propensión al catarro, facilidad para el ajedrez o canas desde los 18 años (ridiculizando un poco, claro... eso apenas se conoce, y podría llamarse coloquialmente "descifrar"). En el fondo, entiendo que es un lenguaje: puedes llegar a comprender la sintaxis (secuenciarlo), o enterarte de lo que te están diciendo, incluyendo sentido estricto y sentido figurado (semántica, descifrar).
#9 Eso es.
Solo un detalle, cuando hablan de descifrar el genoma no se refieren solo a "descifrar" un carácter, o un gen (lo pongo entre comillas porque descifrar no se usa en ese contexto), que sería equivalente a una proteína, que determinaría un único carácter, como la propensión la catarro de tu ejemplo (se usa la equivalencia un gen - un carácter); sino que "descifrar el genoma" (conjunto de todos los genes), significaría conocer TODO (y como interacciona todo con todo), que es de lo que trata el proyecto KEGG de tu artículo, es ambicioso, pero por algo se empieza
Comentarios
#0 Los genomas no se descifran, se secuencian.
#3 No me lo digas a mí, díselo al redactor/becario con carrera supongo, que haya redactado la noticia...
#3 #4 No tengo ni idea, pero soy escéptico y curioso, así que he buscado otros sitios donde se hable de "descifrar el genoma" (como sinónimo de secuenciar, supongo). Y la verdad es que he encontrado unos cuantos. Por ejemplo:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14681412
Hmmm... Publimed.gov. Biblioteca Nacional de Medicina de los Estados Unidos. Institutos Nacionales de Salud... ¡publican una cosa titulada "RESOURCE FOR DECIPHERING THE GENOME"!
Deberías afearles su actitud, y decirles que "Genome is not deciphered. It is sequenced!"
#5 Puede parecer que tienes razón, pero no es así.
De lo que hablan en ese artículo (y algún otro) es de otra cosa, y "descifrar" está usado intencionadamente para separarlo del "secuenciar", que tiene otro sentido. Aún así sigo manteniendo que los genomas no se descifran. Intentaré explicarlo, que de esto sé un poco.
El genoma es la secuencia de bases del ADN de un organismo (o una especie). Esa secuencia es desconocida y está dada por el orden (más o menos) exacto de 4 bases nitrogenadas, representadas como A,T,C y G cada una bien colocada en su sitio. Mediante diversas técnicas se puede extraer el ADN de un organismo y conseguir saber el orden de ese conjunto de bases en todo el genoma (más o menos) completo, eso es secuenciar un genoma. El resultado de la secuenciación es una secuencia con la apariencia de atgacgtcagtctgtgagtttctaggctagctaaagtcagta...
¿Por qué hablan en ese artículo de "descifrar"?
La secuenciación de un genoma da mucha información, pero se queda muy corta. El genoma es ADN, pero la mayor parte de las funciones de la célula las hacen proteínas, cuyas características dependen directamente de la secuencia del genoma (que codifica para proteínas, ADN (secuencia de bases) -> proteínas (secuencia de aminoácidos)).
Es realmente complicado (por no decir imposible) conocer la función de una proteína conociendo solo su secuencia de aminoácidos (algo que se puede saber conociendo la secuencia del genoma).
Así pues hace falta un paso más si queremos conocer el funcionamiento y el comportamiento de las células viendo cómo interaccionan todas las proteínas entre sí.
Para eso hay una serie de herramientas informáticas, de las que habla ese artículo (KEGG, PATHWAY, GENES, SSDB, KO, COMPOUND, GLYCAN, REACTION y muchas más), todas esas son bases de datos que informan de la función de las proteínas en base a la descripción de procesos clave y usando descriptores semánticos (palabras) que definan sus propiedades, lo que se llama GO (gene ontholgy, http://es.wikipedia.org/wiki/Ontolog%C3%ADa_G%C3%A9nica ) de manera que se pueda interrelacionar el conocimiento de unas proteínas con otras y completar lo que se desconoce de unas usando lo que se conoce de otras proteínas semejantes, contado en pocas palabras.
El proyecto KEGG (y todos los que hablan de "descifrar" genomas, o descifrar rutas, o descifrar metabolomas, etc) pretende integrar todas esas bases de datos para desentrañar las relaciones entre las proteínas, eso sí, partiendo de grupos de genes (genomas, si se quiere), para establecer la red completa de interacciones entre proteínas; como ves, y si me sigues, la relación con el genoma es relativamente pequeña; y se usa la palabra "descifrar" más bien en un sentido metafórico con el sentido de "conocer un poco más lo que no conocemos". Desde luego nada que ver con este artículo meneado, que se limita "solo" a secuenciar un genoma que hasta ahora era desconocido.
Te pongo un ejemplo metafórico: es como si queremos leer un libro en braille, secuenciar el libro sería pasar las rayas y los puntos a letras, de una forma automática, sin más, ese código sí que lo conocemos (aquí hablo como profesional del ramo) muy precisamente, y aún así fallamos muchas veces; secuenciar es lo que se hace el 99,999% de las veces que se habla en prensa de un genoma nuevo. Ese conjunto de letras, sin más, no dice mucho.
Descifrar el libro sería comprender lo que pone, teniendo en cuenta que el conocimiento que tenemos del idioma de las proteínas se limita a unas cuantas palabras y aún no estamos seguros de lo que significan. Esta parte de la genómica está aún en pañales.
Te agradezco si has llegado a leer hasta el final del tocho que me he soltado.
#8 Al contrario, muchas gracias por explicarlo. Es algo que vemos todos los días aquí y allá, con cierta frustración por no poder entenderlo. Ahora ya sé (si he entendido lo esencial) que una cosa es conocer la secuencia de bases del genoma, y la de aminoácidos de las proteinas (secuenciar), y otra mucho más difícil saber si eso "significa" propensión al catarro, facilidad para el ajedrez o canas desde los 18 años (ridiculizando un poco, claro... eso apenas se conoce, y podría llamarse coloquialmente "descifrar"). En el fondo, entiendo que es un lenguaje: puedes llegar a comprender la sintaxis (secuenciarlo), o enterarte de lo que te están diciendo, incluyendo sentido estricto y sentido figurado (semántica, descifrar).
¡Muchas gracias!
#9 Eso es.
Solo un detalle, cuando hablan de descifrar el genoma no se refieren solo a "descifrar" un carácter, o un gen (lo pongo entre comillas porque descifrar no se usa en ese contexto), que sería equivalente a una proteína, que determinaría un único carácter, como la propensión la catarro de tu ejemplo (se usa la equivalencia un gen - un carácter); sino que "descifrar el genoma" (conjunto de todos los genes), significaría conocer TODO (y como interacciona todo con todo), que es de lo que trata el proyecto KEGG de tu artículo, es ambicioso, pero por algo se empieza
Prefiero vivir 5 años a parecerme a esta polla con patas
http://1.bp.blogspot.com/_aIyBXXvahB8/TIgdrwW_D5I/AAAAAAAAAXU/g0gBfyOJz3I/s1600/rata-topo.jpg
¿Y que dice el doctor Zimmerman de todo esto?
No tendra cancer pero la pobre ya tiene suficiente con lo fea que es.
#1 desde luego